In Hinblick auf die Lebensdauer eines Blockhauses und um einer Wertminderung von Grund auf entgegen zu wirken ist ein umfangreicher Holzschutz unerlässlich. Blockhäuser bieten aufgrund der speziellen Bauweise eindringender Feuchtigkeit so gut wie keine Angriffsfläche und zudem verfügt der Baustoff Holz von Natur aus einen ausgezeichneten Holzschutz, welcher jedoch über die Jahre bei ständiger Regeneinwirkung nach und nach seinen Dienst verweigern kann. Daher sind beim Bau eines Blockhauses, neben der Trocknung und Imprägnierung des Holzes vor Baubeginn, verschiedene Holzschutzmaßnahmen üblich.

Man unterscheidet hierbei zwischen dem konstruktiven und dem physikalischen Holzschutz. Der Begriff konstruktiver Holzschutz beinhaltet alle baulichen Maßnahmen, welche ein schnelles Abtrocknen der Holzaußenwände bewirken. Zudem wird bei dem konstruktiven Holzschutz darauf geachtet, dass Dachvorsprünge die Außenwände vor zu starker Regeneinwirkung schützen und ferner wird schon bei der Planung eines Blockhauses darauf geachtet, dass die Dachvorsprünge ein ausreichendes Gefälle besitzen, um die Feuchtigkeit optimal ableiten zu können. Auch das Errichten eines ausreichend hohen Fundamentes gehört zu den konstruktiven Holzschutzmaßnahmen. Das Fundament soll das Haus über die Jahre vor der vom Boden her aufsteigenden Feuchtigkeit schützen und muss daher besonderes sorgfältig geplant und errichtet werden.

Unter dem Begriff physikalische Holzschutzmaßnahmen versteht man die Oberflächenbehandlung des Holzes mit verschiedenen chemischen oder natürlichen Mitteln. Hierfür eignen sich verschiedene Öle und Wachse, wie beispielsweise das Leinöl oder Bienenwachs. Im Fachhandel werden zahlreiche chemischen Stoffe für die Holzbehandlung angeboten, welche zumeist eine Kombination aus Holzschutzmittel und Außenanstrichfarbe darstellen. Bei streng ökologischer Bauplanung sollte gegebenenfalls auf derartige Mittel verzichtet und auf natürliche Holzschutzmittel zurückgegriffen werden.